this.Controls.Add(this.LoadControl("MultiTextInput.ascx"))
- это правильный способ загрузки элемента управления, потому что он должен знать, где находится файл ascx.
Если вы хотите установить свойства, сделайте следующее:
Controls_MultiTextInput cc = (Controls_MultiTextInput) LoadControl("MultiTextInput.ascx");
cc.MyProperty = "abc";
Controls.Add(cc);