Там, где файлы находятся в структуре проекта, нет никакой разницы для компилятора, когда он пытается открыть включаемые файлы.Если они находятся в другом каталоге, вам необходимо соответствующим образом указать их путь.
То есть, если у вас есть такая структура каталогов:
project/include/common.h
project/src/main.cpp
И у вас есть это в вашем проекте:
Project
|-> common.h
|-> main.cpp
Ваш основной файл должен будет сделать это:
#include "../include/common.h"
И не это:
#include "common.h"
Вы можете, альтернативно, определить project/include
как Дополнительный каталог включения в настройках вашего проекта.Это позволит вам использовать вторую форму включения, показанную выше.