Немного опоздал, может, но так как у меня была такая же проблема.
Вы можете вызвать сатирический метод InvalidateCacheEntry (Uri uri, Guid siteId) в классе SPSite. Передав пустой guid и URI используемого вами SPS-сайта, вы сможете очистить кеш и получить текущие значения.
Обратите внимание, что это также является причиной проблемы SPSite. Exists возвращает "true" для только что удаленных сайтов. Используя метод InvalidateCacheEntry, я смог определить правильное состояние сайта (удалено или существует). Я не знаю, какова стоимость производительности этого обходного пути, но, пожалуйста, учтите это, если у вас возникнут подобные проблемы в будущем.