Я бы использовал scp.
Вы можете написать простой сценарий для поэтапной загрузки файлов в определенный каталог (таким образом, исключая другие файлы), а затем отправить их на сервер таким образом.
Я использую ssh и cvs. (основная идея есть, просто игнорируйте специфические для университета вещи)
Я регулярно проверяю свой код, затем маркирую его. На веб-сервере я проверяю последний ярлык. Это делает возврат очень легким и обновление очень легким также.
Тогда мне никогда не придется беспокоиться о том, что туда попадают файлы, которые мне не нужны, и, поскольку они настроены через SSH, они полностью безопасны.
И веб-сервер, и сервер cvs - это Linux-боксы, которые действительно упрощают работу.
Взгляните также на WinSCP .