Чтобы ответить на мой собственный вопрос, я наконец сделал это так.Мой файл conf содержит следующие токены:
user: %%dbUser%%
password: %%dbPassword%%
Мне пришлось скопировать этот файл, config.yml.dist в config.yml, и изменить токены, поэтому я сделал это:
<copy file="./config.yml.dist" tofile="./config.yml">
<filterchain>
<replacetokens begintoken="%%" endtoken="%%">
<token key="dbUser" value="myUser" />
<token key="dbPassword" value="myPassword" />
</replacetokens>
</filterchain>
</copy>
И это все.