Используйте XInputRemap для переназначения подключенных контроллеров пользователям, связанным с этими контроллерами.Это часть API XInput.Так что если у вас есть 2 игрока и вы хотите поменять их контроллер:
DWORD remap[XUSER_MAX_COUNT];
remap[0] = 1;
remap[1] = 0;
DWORD dwResult = XInputRemap(remap);
SDK содержит пример, демонстрирующий эту функцию.