Задачей компилятора JIT является генерация машинного кода.Это будет сделано в зависимости от архитектуры процессора, на котором он работает.Да, при необходимости он будет использовать инструкции SSE, xIT JITter использует их интенсивно.
Если вы хотите использовать SSE2 в своем коде, вам придется скомпилировать его отдельно без / clr.Или используйте управляемую директиву #pragma для переключения на генерацию машинного кода, чтобы вы могли использовать встроенные функции.