Buildout отлично подходит для многих вещей, но даже я склонен нести некоторую ответственность за ОС.
Весь колоссальный гео-стек является одной из таких вещей.Gdal, geos, libproj4, mapnik, я не знаю что.Компиляция всего из исходного кода слишком громоздка, особенно если у вас много зависимостей.
В вашем случае, похоже, что есть несоответствие в некоторых библиотеках, с которыми компилируется gdal.Неверная длина аргументов.
Мой совет - установить gdal и друзей через вашу ОС (так: установщик Windows, apt-get, rpm и т. Д.).