Вы получаете два события нажатия клавиши: первое - для клавиши управления, а второе - для буквы с включенным флагом модификатора. Вот как вы слушаете клавишу с нажатой модификатором:
document.addEventListener("keydown", function(e) {
if (e.keyCode == 83 && (navigator.platform.match("Mac") ? e.metaKey : e.ctrlKey)) {
e.preventDefault();
// Process event...
}
}, false);
Взяв страницу из Google Docs, она использует Cmd-S на Mac и Ctrl-S на других платформах.