Debug.WriteLine может быть медленнее, чем 1 миллисекунда. Это не оптимизировано для скорости.
Вы можете добавить вызов, поместив сообщение в список, а затем записать список в Debug.WriteLine после запуска.
Вы можете добавить фоновую задачу, отправив сообщение в Debug.WriteLine.
Оба должны предотвратить таймеры от пропущенных тиков.
Другой причиной пропущенных тиков может быть ОС или другая программа, выполняющая некоторую работу между двумя вызовами Debug.WriteLine. Это может быть даже медленная машина.
Установка приоритета потоков или запуск этого приложения на выделенной машине должны помочь, но такого рода проблемы с таймером ожидаются в Windows, поскольку в ней никогда не говорилось, что это ОС реального времени.