После нескольких часов удара головой я нашел ответ. Если ваш манифест содержит файл, который не существует, то Mobile Safari будет пытаться получить этот файл каждый раз, когда ваше приложение открывается (потому что оно должно его кэшировать). Но у него нет отсутствующего файла, поэтому он выдает ошибку о подключении и закрывает приложение.