Если вы хотите собрать сам IronPython, используйте msbuild в соответствии с рекомендациями Курта.
Если вы хотите собрать программу IronPython, используйте IronPython\Tools\Scripts\pyc.py
, например ::
ipy.exe pyc.py /main:Program.py Form.py /target:winexe