Ну, ваше приложение довольно маленькое (или 2-3 пользователя), и любая БД будет поддерживать вашу нагрузку (при условии, что вы не делаете ничего дурацкого и сумасшедшего), так что все действительно зависит от ваших предпочтений. Теперь я бы не стал использовать SQL Server Express, я потратил бы немного денег и получил бы полную версию; использование вещей уровня разработки для prod - это большое нет, нет.
Итак, в конце концов, похоже, что ваш вопрос отвечает сам на себя. Microsoft встроила красивую связь между .net и sql server, может с таким же успехом воспользоваться этим!