Переместите ваше действие в цель BeforeBuild. В проекте * .csproj по умолчанию комментируется.
Раскомментируйте его и вызовите DBMetal, используя Exec task
<Target Name="BeforeBuild">
<Exec Command="<your prebuild action 1>"/>
<Exec Command="<your prebuild action 2>"/>
</Target>
Если вы работаете с Datasource.db и хотите сгенерировать Main.Designer.cs
Вы можете указать Входные и выходные параметры для цели. Это избавит вас от вызова DBMetal и перестройки самого проекта.
<Target Name="BeforeBuild"
Inputs="Datasource.db"
Outputs="Main.Designer.cs">
<Exec Command="<your prebuild action 1>"/>
<Exec Command="<your prebuild action 2>"/>
</Target>