Это действительно зависит от точного содержимого ваших соответствующих файлов .htaccess.
Один из обходных путей - добавить RewriteCond
к заголовку основного файла .htaccess, если URI запроса совпадает с sub.-directory, прекратит синтаксический анализ:
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^/blog
RewriteRule .* - [L]
, это должно привести к тому, что URL-адреса блога будут правильно проанализированы в соответствии с указанными там правилами.