Для всех параметров конфигурации, которые остаются неизменными между конфигурациями, попросите ваш скрипт установки скопировать их из старого файла конфигурации, если он существует. В остальном просто установите некоторые значения по умолчанию, которые пользователь может изменить при необходимости, как обычно для файла конфигурации. Если я не понял вопрос, похоже, что вы делаете из этого нечто большее, чем нужно.
Кстати, вам действительно нужен только один скрипт "Updater", потому что вы можете параметризовать теги XML так, чтобы они проходили через ваш новый файл конфигурации / файл конфигурации, а затем просто проверяли теги в старом файле. против этого и скопируйте данные из тех, которые присутствуют в новом файле. Я раньше не работал с XSD-файлами, поэтому не знаю специфики работы с ними, но не думаю, что это должно быть так сложно.