Если я хочу создать окно, которое не является основным окном приложения (например, я хочу, чтобы окно настроек открывалось при щелчке меню настроек в главном окне), как бы я это сделал?
"Любой QWidget без родителя будет в своем собственном окне."http://doc.qt.io/qt-4.8/qwidget.html
Я рекомендую прочитать о оконных функциях и свойствах QWidget.Для предпочтения окна могут быть полезны windowModality, windowType, windowFlags.