Это действительно не имеет значения, честно говоря.
Если вы используете хостинг самостоятельно, тогда вы просто устанавливаете эти сервисы WCF, где бы вы ни устанавливали ваше приложение - любой каталог будет в порядке (обычно под * 1003).* или что-то).
При размещении в IIS: я бы, вероятно, поместил их, например, в подкаталог Services
вашего приложения, если они являются частью приложения, содержащего другие части (например, ASP.NET,Winforms, WPF и т. Д.) И создайте виртуальный каталог в этом каталоге на диске.