Когда вы обслуживаете php через Apache, всегда будет ответ http. Вызов exit просто остановит обработку php, но не остановит Apache. В вашем случае лучше всего отправлять http-код ответа, отличный от 200 (ОК). Например, 404 или 500. Проверьте характеристики , чтобы найти тот, который соответствует вашей ситуации.
Вы отправляете http-ответ из php, используя:
<?php
header("HTTP/1.0 404 Not Found");
exit;