Можно ли легко зашифровать эти файлы, чтобы пользователи (с взломанными iPhone) не могли изменять значения?
То, что вы ищете, это брелок API. Другие приложения на взломанных устройствах могут получить значения ваших цепочек для ключей, но они зашифрованы.
Вот хороший урок, который я только что нашел в Google.
Вы можете использовать Secure-NSUserDefaults, это хороший способ предотвратить изменение списков.
Вы можете получить код по адресу: https://github.com/matthiasplappert/Secure-NSUserDefaults
Удачи!