Почему это работает при каждом клике, просто делайте это при отправке формы - есть селектор: флажок, который вы также можете использовать вместо выбора и итерации элементов, которые вам не интересны.
Как предположил Джозеф - вы можете использовать здесь сериализованный массив для построения массива имя / значение
* 1005 например *
$('#submitButton').click( function(ev){
var ids = [];
$(':checkbox:checked').each( function(){
ids.push(this.id);
});
//do something with ids
});