в resource.cfg Я храню пароль для пользователя mysql nagios.Как я могу зашифровать пароль в resource.cfg?
Вы не можете , поэтому ваш файл resource.cfg должен иметь настройки разрешений, которые делают его нечитаемым для всех, кроме вашего пользователя nagios.
Почему вы храните пароль там? Вам не нужно этого делать, если вы не делаете что-то уникальное.