Введите команду «PRAGMA foreign_keys» в приглашении sqlite3, и если не возвращает данных вместо одной строки, содержащей «0» или «1», то используемая вами версия SQLite не поддерживает внешние ключи (либо потому, что онастарше 3.6.19 или потому что он был скомпилирован с определением SQLITE_OMIT_FOREIGN_KEY или SQLITE_OMIT_TRIGGER)
Более подробная информация доступна по ссылке ниже: http://www.sqlite.org/foreignkeys.html