Из-за того, как работает мост Java-JavaScript на Android, синхронная реализация File IO практически невозможна.Это связано с тем, что каждый объект Java в Android, связанный со средой JavaScript, работает в своем собственном потоке.
Используйте существующий Файловый API , доступный в PhoneGap, но используйте его асинхронно.Зарегистрируйте в нем обратный вызов, который уведомит ваше приложение о завершении процесса ввода-вывода.