Попробуйте опубликовать следующие файлы, это работает для меня
App_global.asax.dll
App_global.asax.compiled
PrecompiledApp.config
yoursite.dll
и, как сказал @GabrielG, вы должны снять флажок прекомпиляции во время публикации
Я надеюсь, что это поможет кому-то еще.