Используйте Beyond Compare. Лучший инструмент, который я когда-либо использовал. Прекрасно работает с GIT
Команда в git будет выглядеть так: git mergetool. Для стандартного сравнения git используйте: gitk
поместите это в ваш c: \ program files \ git \ etc \ gitconfig file:
[слияние]
tool = bc3 # Это будет инструмент слияния по умолчанию, вызываемый git mergetool.
[mergetool "bc3"]
cmd = 'c: / Program Files / Beyond Compare 3 / bcomp.exe' \
"$PWD/$LOCAL" \
"$PWD/$REMOTE" \
"$PWD/$BASE" \
"$ PWD / $ MERGED"
keepBackup = false
trustExitCode = FALSE
Подробнее