То, что предоставляется, несколько абстрактно, затрудняет обратную связь.
UPDATE a
SET CountOfAA = CASE WHEN b.somecol = 0 THEN b.CountOf END,
CountOfBB = CASE WHEN b.somecol = 1 THEN b.CountOf END
FROM @MediaResurce a
JOIN (SELECT aa.Sku,
somecol,
ISNULL(COUNT(bb.sku), 0) AS CountOf
FROM @MediaResurce aa
LEFT JOIN @MediaResurce_Pics bb ON aa.sku = bb.sku
WHERE somecol IN (0, 1)
GROUP BY aa.Sku, somecol) b ON b.sku = a.sku