Вы можете сделать это из скрипта в вашем background_page HTML:
chrome.browserAction.onClicked.addListener(function(tab) {
chrome.tabs.executeScript(null, { file: "jquery.min.js" }, function() {
chrome.tabs.executeScript(null, { file: "content_script.js" });
});
});
Тогда в content_script.js делайте что хотите:
$('#header').hide();
Обратите внимание, что даже если на страницу, в которую вы вставили, уже загружен jQuery, вы все равно запускаете собственный экземпляр объекта jQuery, который обращается к странице через DOM. (Документ).