Ваш юнит-тест и сервер приложений не должны использовать одну и ту же JRE, если это так. Проверьте, использует ли ваш сервер приложений.
com.sun.jndi.ldap.LdapCtxFactory
в rt.jar. Вы можете это подтвердить?
Как вы знаете , что сервер использует ту же JVM? Это работает локально? На что у вас установлен JAVA_HOME? Какой сервер приложений?
Не думайте, что загрузчик классов внезапно перестал работать. Когда вы получаете информацию, которая противоречит вашим предположениям о том, как устроен мир, проверьте свои предположения.
Гораздо более вероятно, что ваш сервер приложений не настроен должным образом, чем загрузчик классов забыл, как выполнять свою работу между успешным тестированием и неудачным развертыванием.