Вы всегда можете добавить вывод из вашего сценария SQL в файл, используя >>
Например (для Sybase):
isql < script.sql >> outputfile.out
Я не могу сказать вам, чтоэквивалентен для MySQL, но принцип должен быть таким же.
Конечно, все выходные данные будут идти в один файл, поэтому, если ваш SQL-скрипт выводит различные SQL-запросы в разные выходные файлы, вам нужно разделить скрипт.до.