Старый вопрос, но для чего он стоит, RedBean 4.0+ (и, возможно, также более старые версии) использует внешние ключи, когда используются различные реляционные отображения NM.
Итак, в этом случаев моем случае, чтобы обойти это, необходимо было установить проверки внешнего ключа на 0.
R::exec('SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 0;');
R::wipe('tablename');