Создайте дополнительный метод в вашей службе WCF public bool ApplicationIsOnline ()
Реализация этого метода: добавьте набор настроек в файл конфигурации службы, который указывает, является ли приложение онлайн или нет.Когда вы начинаете обновление, измените настройку приложения на false, когда установка будет завершена, измените ее обратно на true
При запуске вашей программы вы вызываете этот метод, когда вызов WCF возвращает true, вы можете запустить приложение,когда вызов возвращает ложь, вы можете показать сообщение пользователю, чтобы повторить попытку позже.