Это просто, если конфигурация выполняется с помощью файла конфигурации:
<unity>
<containers>
<container>
<type type="IMyInterface" mapTo="myNamespace.MyHandler, MyAssembly, Version=1.1.0.0, Culture=neutral" name="v1.1" />
<type type="IMyInterface" mapTo="myNamespace.MyHandler, MyAssembly, Version=1.2.0.0, Culture=neutral" name="v1.2" />
</container
</containers>
</unity>
А, в клиенте:
public class MyClient {
[Dependency("v1.1")]
public IMyInterface MyVal { get; set; }
}