Некоторые классы теперь будут зависеть от контейнера?
Нет. Вот почему вы используете внедрение зависимостей, а не местоположение службы.
На стр. 79 из этого слайда ...
См. Стр. 82, где написано "В отличие от модельных объектов". Честно говоря, я бы никогда не объяснил это так («Объекты только с одним экземпляром (! = Singletons)» либо неверны, либо что-то очень специфичное для PHP, это не относится к внедрению зависимостей или контейнерам IoC + DI в целом), но Держу пари, что он пытался объяснить, что контейнер обычно управляет сервисными вещами, а не модельными.