FYI для людей, использующих V3: Из того, что я обнаружил, у V3 нет упакованной функции, как у V2 в .clearOverlays ();
Вот что я делаю (как я собрал из других ресурсов):
var gmarkers = []; // establish your markers array;
if (gmarkers) { // plug this in wherever/whenever you want to clear the map of any and all markers;
for (i in gmarkers) {
gmarkers[i].setMap(null);
}
gmarkers.length = 0;
}