Вы можете использовать метод игнорирования для ассоциаций, которые вам не нужно загружать.
Mapper.CreateMap<User, UserDto>()
.ForMember(dest => dest.LazyCollection, opt => opt.Ignore())
.ForMember(dest => dest.AnotherLazyCollection, opt => opt.Ignore())
Mapper.CreateMap<UserProperty, UserPropertyDto>()
.ForMember(dest => dest.PropertyLazyReference, opt => opt.Ignore());
return Mapper.Map<User, UserDto>(user);
Для ассоциаций, которые, как вы знаете, вам понадобятся в вашем dto, вы должны искать способы более эффективного извлечения их с помощью первоначального запроса, но это совершенно новая проблема.