Я не думаю, что вы можете сделать это с описанной вами структурой, поскольку обновление на внешней панели приведет к обновлению всей панели (включая внутреннюю). Одним из решений было бы добавить еще одну панель обновления, чтобы вы получили что-то вроде:
<asp:UpdatePanel ID="outer" ...>
<asp:UpdatePanel ID="inner1" ...>
</asp:UpdatePanel>
<asp:UpdatePanel ID="inner2" ...>
</asp:UpdatePanel>
таким образом вы можете контролировать каждую часть независимо