Зависит от того, как настроены ваши сайты в IIS.Прочтите эту википедию статью по той же политике происхождения.
Допустим, ваша служба WCF SOAP работает на http://localhost/service/GetStuff.svc, а ваш сайт ASP.NET работает на http://localhost/mysite/Default.aspx. В соответствии с таблицей в той же статье об источнике, вызов должен быть успешным, поскольку хост вашего сервера одинаков в обоих случаях (localhost) и различается только в указанном каталоге.
Но если ваш WCFСлужба SOAP работает на http://localhost:8080/service/GetStuff.svc, а ваш сайт ASP.NET работает на http://localhost/mysite/Default.aspx (порт по умолчанию - 80), поэтому вызов не будет выполнен, так как хост сервера отличается от порта, к которому осуществляется доступ.
Три вещи, которые необходимо учитывать, это хост, протокол (http или https) и порт.Согласно статье, не все браузеры поддерживают порт.
Надеюсь, это поможет.Удачи!
Кстати, ваше приложение работает?