Вы можете использовать ускоритель, как APC.Любой вид кэширования поможет, если его применить в нужных областях.
Я бы посоветовал вам профилировать время выполнения вашего кода, используя Xdebug и Webgrind, чтобы выяснить, где он работает медленно, и идти оттуда с любой оптимизацией.
Вы также можете сделать что-то, например, переместить вещи в своем htaccess в конфигурацию сервера и отключить htaccess, чтобы сервер не тратил время на поиск в каждом каталоге.