Звучит так, как будто вы пытались контролировать dpkg, когда иногда какой-то скрипт post-inst запрашивает администратора, может ли он переопределить какой-либо файл конфигурации.
В любом случае, вы можете посмотреть, как работает strace:
strace -f -etrace=read your.program
Конечно, вам нужно следить за тем, какие fds являются каналами, о которых вы пишете, но в любом случае вам, вероятно, нужен только stdin.