Это неправильно:
var json = [["Deutsch", "de-DE"], ["US Englisch", "en-US"]];
json = JSON.parse(json);
У вас нет JSON.У вас есть массив массивов .Это будет только JSON, если он будет заключен в одинарные кавычки (т.е. если это будет строка).
var data = [["Deutsch", "de-DE"], ["US Englisch", "en-US"]];
for(var i=0; i<data.length; i++){
$("#select").append($('<option />',{value: json[i][1], text: json[i][0]}));
}