Очевидно, что не должно быть прямого доступа к файловой системе через HTTP-запрос.
И я почти уверен, что это невозможно, если вы все равно используете web.py. Когда вы создаете приложение с помощью web.py, вы создаете список регулярных выражений для URL-адресов, которые сопоставляются с классом, на который отправляется запрос. Пока каждый запрос к вашему веб-серверу отправляется на web.py, у вас не должно быть никаких проблем, поскольку все перечислено в этом списке URL-адресов.
http://webpy.org/tutorial3.en#urlhandling
В связи с этим я не стал бы слишком сильно беспокоиться о хранении паролей в конфигурационных файлах или исходном коде.