Вы можете избежать неприятных кавычек и экранирования, используя awk для увеличения:
awk -F "," 'BEGIN { i = j = 1 } { i++; j+=3; printf "%3d, %12.3f, %12.3f\n", $1, $i, $j > Run-$i.csv }' All_Runs.csv
Или используя функцию передачи переменных в awk:
for i in {1..100}; do awk -F "," -v i=$i '{ i++; j=i+2; printf "%3d, %12.3f, %12.3f\n", $1, $i, $j }' All_Runs.csv > Run-$i.csv; done
(оба не проверены)