Я использовал Netbeans только для пары небольших проектов J2ME, так что я не знаю много о его работе. Но в редакторе PHP, который я использую, Codelobster PHP Edition, есть вкладка слева от страницы, где вы можете иметь различные представления, такие как представление проекта (все папки и файлы текущего проекта в виде древовидного меню), представление файла (разделенный на тип ресурса: переменные, функции, интерфейсы, ...), а также представление классов, которое показывает вам все методы всех классов внутри вашего проекта в алфавитном порядке.
Не знаю, если вы имели в виду что-то подобное, в случае, если вы могли бы попробовать, это бесплатно.