После добавления нового тега сценария с использованием Javascript код в только что загруженном сценарии оценивается автоматически. Вы не можете заставить браузер переоценить весь Javascript.
Возможное решение этой проблемы - поместить весь ваш код в функцию, а затем вызвать эту функцию, когда вы получите ответ ajax:
function myCode() {
// Your code here
}
myCode();
// Also call myCode when you get the Ajax reply
Я не знаком с motools, так что это общий пример Javascript. Кроме того, на заметку, как правило, вам не нужно это делать. Возможно, вам стоит подумать о лучшем дизайне кода.