Как сохранить предупреждения и ошибки как выходные данные функции?

Question

Я использую lapply для запуска сложной функции для большого количества элементов, и я хотел бы сохранить выходные данные из каждого элемента (если есть) вместе с любыми предупреждениями / ошибками, которые были выданы, чтобы я может сказать, какой элемент произвел какое предупреждение / ошибка.

Я нашел способ перехвата предупреждений с помощью withCallingHandlers ( описано здесь ). Однако мне нужно ловить и ошибки. Я могу сделать это, обернув его в tryCatch (как в коде ниже), но есть ли лучший способ сделать это?

catchToList <- function(expr) {
  val <- NULL
  myWarnings <- NULL
  wHandler <- function(w) {
    myWarnings <<- c(myWarnings, w$message)
    invokeRestart("muffleWarning")
  }
  myError <- NULL
  eHandler <- function(e) {
    myError <<- e$message
    NULL
  }
  val <- tryCatch(withCallingHandlers(expr, warning = wHandler), error = eHandler)
  list(value = val, warnings = myWarnings, error=myError)
} 

Пример вывода этой функции:

> catchToList({warning("warning 1");warning("warning 2");1})
$value
[1] 1

$warnings
[1] "warning 1" "warning 2"

$error
NULL

> catchToList({warning("my warning");stop("my error")})
$value
NULL

$warnings
[1] "my warning"

$error
[1] "my error"

Здесь есть несколько вопросов о SO, которые обсуждают tryCatch и обработку ошибок, но я не нашел ни одного, который бы касался этой конкретной проблемы. См. Как проверить, приводит ли вызов функции к предупреждению? , warnings () не работает внутри функции? Как можно обойти это? и Как сказать lapply игнорировать ошибку и обработать следующую вещь в списке? для наиболее важных.

Answer 1

Возможно, это то же самое, что и ваше решение, но я написал factory для преобразования простых старых функций в функции, которые фиксируют их значения, ошибки и предупреждения, поэтому я могу

test <- function(i)
    switch(i, "1"=stop("oops"), "2"={ warning("hmm"); i }, i)
res <- lapply(1:3, factory(test))

с каждымэлемент результата, содержащий значение, ошибку и / или предупреждения.Это будет работать с пользовательскими функциями, системными функциями или анонимными функциями (factory(function(i) ...)).Вот фабрика

factory <- function(fun)
    function(...) {
        warn <- err <- NULL
        res <- withCallingHandlers(
            tryCatch(fun(...), error=function(e) {
                err <<- conditionMessage(e)
                NULL
            }), warning=function(w) {
                warn <<- append(warn, conditionMessage(w))
                invokeRestart("muffleWarning")
            })
        list(res, warn=warn, err=err)
    }

и несколько помощников для работы со списком результатов

.has <- function(x, what)
    !sapply(lapply(x, "[[", what), is.null)
hasWarning <- function(x) .has(x, "warn")
hasError <- function(x) .has(x, "err")
isClean <- function(x) !(hasError(x) | hasWarning(x))
value <- function(x) sapply(x, "[[", 1)
cleanv <- function(x) sapply(x[isClean(x)], "[[", 1)

Answer 2

Попробуйте оценить пакет .

library(evaluate)
test <- function(i)
    switch(i, "1"=stop("oops"), "2"={ warning("hmm"); i }, i)

t1 <- evaluate("test(1)")
t2 <- evaluate("test(2)")
t3 <- evaluate("test(3)")

Хотя в настоящее время ему не хватает хорошего способа оценки выражения - это главным образом потому, что оно нацелено на воспроизведение именно того, что выводится R при вводе текста вконсоль.

replay(t1)
replay(t2)
replay(t3)

Он также захватывает сообщения, выводит их на консоль и обеспечивает правильное чередование всего в том порядке, в котором это произошло.

Answer 3

Я объединил решение Martins (https://stackoverflow.com/a/4952908/2161065) и один из списка рассылки R-help, который вы получаете с demo(error.catching).

Основная идея состоит в том, чтобы сохранить как предупреждение / сообщение об ошибке, так и команду, вызывающую эту проблему.

myTryCatch <- function(expr) {
  warn <- err <- NULL
  value <- withCallingHandlers(
    tryCatch(expr, error=function(e) {
      err <<- e
      NULL
    }), warning=function(w) {
      warn <<- w
      invokeRestart("muffleWarning")
    })
  list(value=value, warning=warn, error=err)
}

Примеры:

myTryCatch(log(1))
myTryCatch(log(-1))
myTryCatch(log("a"))

Выход:

> myTryCatch (log (1))

$ значение [1] 0 $ warning NULL $ error NULL

> myTryCatch (log (-1))

$ значение [1] NaN $ предупреждение $ error NULL

> myTryCatch (log ("a"))

$ значение NULL $ warning NULL ошибка $ 1027 *

Answer 4

Цель моего ответа (и модификации превосходного кода Мартина) состоит в том, чтобы заводская функция возвращала ожидаемую структуру данных, если все пойдет хорошо.Если получено предупреждение, оно прикрепляется к результату под атрибутом factory-warning.Функция data.table setattr используется для обеспечения совместимости с этим пакетом.Если возникает ошибка, результатом является символьный элемент «Произошла ошибка в заводской функции», а атрибут factory-error будет содержать сообщение об ошибке.

#' Catch errors and warnings and store them for subsequent evaluation
#'
#' Factory modified from a version written by Martin Morgan on Stack Overflow (see below).  
#' Factory generates a function which is appropriately wrapped by error handlers.  
#' If there are no errors and no warnings, the result is provided.  
#' If there are warnings but no errors, the result is provided with a warn attribute set.
#' If there are errors, the result retutrns is a list with the elements of warn and err.
#' This is a nice way to recover from a problems that may have occurred during loop evaluation or during cluster usage.
#' Check the references for additional related functions.
#' I have not included the other factory functions included in the original Stack Overflow answer because they did not play well with the return item as an S4 object.
#' @export
#' @param fun The function to be turned into a factory
#' @return The result of the function given to turn into a factory.  If this function was in error "An error as occurred" as a character element.  factory-error and factory-warning attributes may also be set as appropriate.
#' @references
#' \url{/3163249/kak-sohranit-preduprezhdeniya-i-oshibki-kak-vyhodnye-dannye-funktsii}
#' @author Martin Morgan; Modified by Russell S. Pierce
#' @examples 
#' f.log <- factory(log)
#' f.log("a")
#' f.as.numeric <- factory(as.numeric)
#' f.as.numeric(c("a","b",1))
factory <- function (fun) {
  errorOccurred <- FALSE
  library(data.table)
  function(...) {
    warn <- err <- NULL
    res <- withCallingHandlers(tryCatch(fun(...), error = function(e) {
      err <<- conditionMessage(e)
      errorOccurred <<- TRUE
      NULL
    }), warning = function(w) {
      warn <<- append(warn, conditionMessage(w))
      invokeRestart("muffleWarning")
    })
    if (errorOccurred) {
      res <- "An error occurred in the factory function"
    } 

    if (is.character(warn)) {
      data.table::setattr(res,"factory-warning",warn)
    } else {
      data.table::setattr(res,"factory-warning",NULL) 
    }

    if (is.character(err)) {
      data.table::setattr(res,"factory-error",err)
    } else {
      data.table::setattr(res, "factory-error", NULL)
    }  
    return(res)
  }
}

Поскольку мы не переносим результатв дополнительном списке мы не можем делать предположения, которые допускают некоторые из его функций доступа, но мы можем написать простые проверки и решить, как обрабатывать случаи в соответствии с нашей конкретной результирующей структурой данных.

.has <- function(x, what) {
  !is.null(attr(x,what))
}
hasWarning <- function(x) .has(x, "factory-warning")
hasError <- function(x) .has(x, "factory-error")
isClean <- function(x) !(hasError(x) | hasWarning(x))