Понял, зациклите каждый элемент "большого" svg и сделайте это с каждым элементом:
$('#mini_'+$(this).attr('id')).svg(); //prepared divs for the thumbnail
var mini_svg = $('#mini_'+$(this).attr('id')).svg('get'); //get the svg
mini_svg.add(svg.getElementById($(this).attr('id'))); //add the element