Я бы посмотрел на свойства проекта (щелкните правой кнопкой мыши на проекте, последний пункт меню), на вкладке Builders: должны быть добавлены валидация и построитель скриптов (по крайней мере, у меня есть эти два в Eclipse 3.6 иScript Builder требуется для PHP).Если они отсутствуют, есть вероятность, что проект утратил свой характер PHP.
Если характер отсутствует, найдите файл .project в корневой папке проекта (по умолчанию он скрыт,но вы можете либо показать. * файлы, либо просмотреть его в Навигаторе файлов вне Eclipse. В конце файла должна быть добавлена природа PHP:
<natures>
<nature>org.eclipse.php.core.PHPNature</nature>
</natures>
Если природа и компоновщики установлены правильноЯ не знаю, что могло быть причиной вашей проблемы.
Обновление : соответствующая часть моего файла .project выглядит следующим образом: попробуйте обновить вашу.
<buildSpec>
<buildCommand>
<name>org.eclipse.wst.validation.validationbuilder</name>
<arguments>
</arguments>
</buildCommand>
<buildCommand>
<name>org.eclipse.dltk.core.scriptbuilder</name>
<arguments>
</arguments>
</buildCommand>
</buildSpec>
<natures>
<nature>org.eclipse.php.core.PHPNature</nature>
</natures>