Последние три сообщения этой ветки обсуждения обсуждают, что вы хотите.
По сути, вы перезаписываете строку подключения, которую iBATIS загружает из файла конфигурации перед вашим вызовом Configure ().
Например, в вашем SqlMap.config:
<database>
<provider name="sqlServer2005" />
<dataSource name="TheDB" connectionString="${connectionString}"/>
</database>
А в вашем коде, где вы настраиваете компоновщик, что-то вроде:
DomSqlMapBuilder builder;
string connection;
NameValueCollection properties;
connection = AccessTheEncryptedStringHere();
// Put the string in collection to pass to the iBATIS configurator
properties = new NameValueCollection();
properties.Add("connectionString", connection);
// Build the iBATIS configurator
builder = new DomSqlMapBuilder();
builder.Properties = properties;
builder.Configure("SqlMap.config");