Да, вы можете комбинировать ASP.Net Ajax и Jquery, но только то, что они поставляются вместе в VS.Net, не означает, что вы должны использовать их оба в одном проекте.
На самом деле я рекомендую с точностью до наоборот. Когда вы помещаете ScripManager в форму, уже есть довольно дорогое наказание за загрузку ASP.Net Ajax, добавьте еще 50 КБ Jquery, и вы наполняете свой код даром.
Если вы поклонник JQuery, вы, вероятно, уже используете его для выполнения большей части того, что вы делаете с ASP.Net Ajax, поэтому, если вы можете, рассмотрите возможность полного избавления от scriptmanager.
Если вы не можете этого сделать, или если вы используете панели обновления, то свяжите загрузку JQuery с Google следующим образом:
http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.2.6/jquery.min.js
(Для версии 1.2.6)
Google продвигает ссылки таким образом, чтобы свести к минимуму необходимость загружать JQuery снова и снова. Если большинство веб-сайтов ссылаются на Google (как это продвигает Google), то пользователю не придется загружать новые копии JQuery каждый раз, когда они получают доступ к веб-сайту, который его использует.